De acuerdo a lo señalado por el estatuto de gobierno de la Universidad Autónoma de Nayarit,  las funciones de la Secretaría de Investigación y Posgrado son:

• Coordinar, promover y evaluar el desarrollo general de las actividades de investigación y posgrado de la Universidad.
• Proponer y ejecutar las políticas generales de investigación del personal académico y alumnos de la Universidad.
• Proponer lineamientos para la presentación y seguimiento de proyectos de investigación y de posgrado.
• Apoyar los procesos de auto evaluación institucional y evaluación externa.
• Promover y asesorar en la concertación de convenios de colaboración sobre programas de investigación y posgrado; así como de intercambio científico.
• Las demás que establezca la legislación universitaria.