La Secretaría Académica, es la dependencia de la Universidad Autónoma de Nayarit, que tiene como propósito el diseño, implementación y seguimiento de estrategias institucionales para la mejora de los procesos académico-administrativos relacionados con el diseño y evaluación curricular, habilitación y capacitación del personal docente, acompañamiento de estudiantes durante su trayectoria académica, evaluación y acreditación de programas educativos, formación integral de estudiantes así como la administración del proceso de ingreso, permanencia y egreso, en concordancia con los valores institucionales de responsabilidad, colaboración, respeto y trabajo en equipo.

Ser una dependencia generadora de estrategias académicas innovadoras, tendientes al mejoramiento de los procesos académico-administrativo a través del desarrollo de programas y proyectos estratégicos que garanticen el avance de los indicadores académicos institucionales. 

La Secretaría Académica para el logro de sus funciones, cuenta con una estructura orgánica que se divide en cuatro direcciones y dos coordinaciones que funcionan como Staff de la secretaría, mismas que desarrollan actividades específicas, quedando establecidas de la siguiente manera: 

1. Dirección de Programas Educativos
2. Dirección de Seguimiento Académico de Estudiantes
3. Dirección de Desarrollo del Profesorado
4. Dirección de Administración Escolar del Nivel Superior y Posgrado
5. Coordinación de Planeación
6. Coordinación Administrativa 
7. Dirección del Centro Especializado de Educación Virtual

La Secretaría Académica en cumplimiento de su función, se ha comprometido en la búsqueda de estrategias tendientes a la mejora de los aspectos académico-administrativos, en el 2011 continuará desarrollando los programas y proyectos estratégicos que den cuenta del mejoramiento de los indicadores institucionales.

• Desarrollo del profesorado
• Programas Educativos
• Atención Estudiantil
• Seguimiento y evaluación de egresados