La Secretaría Académica, es la dependencia de la Universidad Autónoma de Nayarit, que tiene como propósito el diseño, implementación y seguimiento de estrategias institucionales para la mejora de los procesos académico-administrativos relacionados con el diseño y evaluación curricular, habilitación y capacitación del personal docente, acompañamiento de estudiantes durante su trayectoria académica, evaluación y acreditación de programas educativos, formación integral de estudiantes así como la administración del proceso de ingreso, permanencia y egreso, en concordancia con los valores institucionales de responsabilidad, colaboración, respeto y trabajo en equipo.